公司注銷后如何進行清算？企業清算的所得稅處理，是指企業不再持續經營，發生結束自身業務、處置資產、償還債務以及向所有者分配剩余財產等經濟行為時，對清算所得清算所得稅、股息分配等事項的處理。企業注銷后的清算一般分為企業層面和股東層面，下面在本文詳細介紹。
一、企業注銷后的清算一般分為兩個層面：
1、企業層面，就是從事實體生產經營的公司(清算的公司)應進行企業所得稅的清算；
2、股東層面，指企業投資者的投資行為而取得的所得進行企業(個人)所得稅清算。
二、哪些企業需進行企業所得稅清算
1、按《公司法》、《企業破產法》等規定，需要進行清算的企業(即公司除特殊原因合并或分立而解散外，其余原因引起的解散，均須經過清算程序)；
2、企業重組中需要按清算處理的企業。
不符合《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》(財稅〔2009〕59號)規定的適用特殊稅務處理原則的重組業務，如企業由法人轉變為個人獨資企業、合伙企業、個體工商戶等非法人組織、或將登記注冊地轉移至中華人民共和國境外(包括港澳臺地區)；不適用特殊性稅務處理的企業合并、分立等，改組企業不需要履行上述清算程序，但需要視同清算進行所得稅處理。
三、企業終止生產經營開始清算之日的確定
1、企業章程規定的經營期限屆滿之日；
2、企業股東會、股東大會或類似機構決議解散之日；
3、企業依法被吊銷營業執照、責令關閉或者被撤銷之日；
4、企業被人民法院依法予以解散或宣告破產之日。
四、清算期確定、清算備案和時間要求
根據《財政部、國家稅務總局關于企業清算業務企業所得稅處理若干問題的通知》(財稅〔2009〕60號)文件規定，企業應將整個清算期作為一個獨立的納稅年度計算清算所得。因此，企業清算期所在的年度內，有兩個所得稅納稅年度，第一個納稅年度為1月1日到終止生產經營之日，第二個納稅年度為終止生產經營之日到注銷稅務登記之日。
(一)第一個納稅年度
企業在年度中間終止生產經營，按照公司法、企業破產法等規定需要進行清算的，依據企業所得稅法第五十五條規定，應將終止生產經營當年度1月1日至實際經營終止之日作為一個納稅年度，于實際經營終止之日起60日內完成當年度企業所得稅匯算清繳，結清當年度應繳(應退)企業所得稅稅款。
(二)第二個納稅年度
進入清算期的企業應對清算事項，報主管稅務機關備案。企業應當自終止生產經營活動開始清算之日起15日內向主管稅務機關提交《企業清算所得稅事項備案表》并附送以下備案資料：
1、納稅人終止正常生產經營活動并開始清算的證明文件或材料。
2、管理人或清算組聯絡人員名單及聯系方式。
3、清算方案或計劃書。
4、欠稅報告表。
(三)企業在清算期內取得來源于我國境外的所得，仍須依據《財政部、國家稅務總局關于企業境外所得稅收抵免有關問題的通知》(財稅〔2009〕125號)的相關規定，按照分國(地區)不分項原則，采取“抵免法”，計算按照我國稅法計算的在我國境內應補繳的企業所得稅稅額。
(四)企業應當自清算結束之日起15日內，向主管稅務機關報送《中華人民共和國企業清算所得稅申報表》及其附表和下列資料，完成清算所得稅申報，結清稅款。
2、清算期間資產負債表、利潤表(依據相關法律法規要求須經中介機構審計的，還應同時附送具有法定資質的中介機構的審計報告)；
3、資產盤點表；
4、清算所得計算過程的說明；
5、具備下列情形的，還需報送資產評估的說明和相關證明材料。
(1)資產處置交易雙方存在關聯關系的；
(2)采取可變現價值確認資產處置所得或損失的。
6、企業清算結束如有尚未處置的財產，同時報送尚未處置的財產清單、清算組指定保管人的授權委托書、組織機構代碼證或身份證復印件。
7、股東分配剩余財產明細表。
8、非營利組織還應同時附著清算結束后其剩余財產的處置情況說明。
